R package installiation

R久没有遇到装库的问题,今天遇到两个比较有趣的。

只能在R terminal安装

发现有些包在Rstudio装不上(比如今天装的ks就是),在终端打开直接就可以了。后来查到Rstudio Support给的建议第一条也是这个,原因不清,暂不追究。

ld: cannot find -lgfortran

报错如下:

参考这里

终端运行:

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sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 /usr/lib/libgfortran.so
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 /usr/lib/libquadmath.so

即可。

configure: error: Cannot compile a simple JNI program

在安装RWeka的时候遇到这个错误,具体是其中安装rJava的时候出现的错误。根据stackoverflow,终端运行,

R CMD javareconf

得到报错,

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Java interpreter : /usr/lib/jvm/default-java/jre/bin/java
Java version : 1.8.0_191
Java home path : /usr/lib/jvm/default-java
Java compiler : not present
Java headers gen.:
Java archive tool:

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags :
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:10: fatal error: jni.h: No such file or directory
#include <jni.h>
^~~~~~~
compilation terminated.
/usr/lib/R/etc/Makeconf:159: recipe for target 'conftest.o' failed
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program
/usr/lib/R/bin/javareconf: 366: cd: can't cd to /home/shensir/Documents/DataMining/Code/DecisionTree/ID3/id3-python/Decision


JAVA_HOME : /usr/lib/jvm/default-java
Java library path:
JNI cpp flags :
JNI linker flags :
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

主要还是jni.h的问题。之后又查到这里,运行sudo apt install default-jdk解决问题。

本文标题:R package installiation

文章作者:不秩稚童

发布时间:2019年01月03日 - 15:32:43

最后更新:2019年04月05日 - 12:33:57

原始链接:http://datahonor.com/2019/01/03/R-package-installiation/

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